соединительная муфта кардана  

Проверять соосность валов КПП и кардана, может где то смещение крепежей двигателя, и т.д..

Может подушка под кпп уже износилась и кпп сильно гуляет?

У меня тоже было , снял кардан крестовина подклинивала и стояла не правильно .

кпп подушка

Очень срочно смотрим на крепление подушки КПП!!! Там несколько отверстий. При ошибки установки возникает такая проблема.

И ещё один момент.. коробка какая? Если МКПП5 помогу - была такая борода, решил успешно!

И еще ко всему выше сказанному, нарушение геометрии в результате аварии или естественной старости.