вибрация при трогании и торможении  

Если опоры, я думаю вибрация по кузову была постоянно

На прогретом авто проблема есть ? Коробка какая?

на прогретом есть, коробка 6 ступенчатый автомат, не dsg

толчки присутвуют когда едеш в натяг и после отпускаеш газ? С левой стороны?

недавно было похожее, виноват оказался внутренний шрус

Подушку менял акпп? Можешь в интернете как их диагностировать и временно отремонтировать.

Проверить: подушки и двигателя и задний кронштейн. Протянуть подрамник. Если после протяжки подрамника проблема исчезла, но со временем проявилась, то посмотреть сайлентблоки подрамника (на таком пробеге это вполне уже возможно).

Извеняюсь какие саленблоки подрамника? Подрамник закрепляется жёстко.

Подрамник действительно крепится жестко болтами, которые и нужно протянуть и Возможно Временно вибрации уйдут. А вероятнее всего это опора-штанга от коробки передач к подрамнику крепится через сайлентблок (ее первую нужно и посмотреть). При повреждённом сайлентблоке подрамника штанга начинает “гулять”, вибрации двигателя не гасятся. При изменении оборотов двигателя и переключении передач возникающие удары не гасятся, а поглощаются верхними кронштейнами опор и опорами двигателя, также чрезмерные нагрузки передаются всем навесным агрегатам – в общем картина очень печальная. Может я как то коряво выразился, извините, хотел помочь. Вот тут можно посмотреть ... http://vag-motors.ru/zamena-saylentblokov-podramnika-na-shkoda-oktaviya/