Появилось постукивание, которое пропадает если выжать сцепление  

Это уже сама КПП, а не сцепление.

Что это может быть?

Та же проблема, стук есть в двигателе, выжимаешь сцепление пропадает, надеюсь это выжимной подшипник... я думаю КПП не причем.

Это роликовый подшипник на первичном валу КПП! Советую срочно заменить, иначе он может рассыпаться внутри и вылететь, при этом пробив корпус КПП насквозь! Уже дважды сталкивался с этим... Кстати, никакие присадки в масло КПП никогда и никак уже не помогут!

Демпферные пружины двухмассового маховика стучат