Было такое, у меня была нарушена регулировка упоров, были пережаты и образовался зазор между крышкой и уплотнителем, через который в дождь вода стекала в отделение запаски.
Вылечил путем выкручивания-ослабления упоров, больше эта проблема не возникала, в багажнике сухо.
