Коробка передач   

У меня слабее выражено, но похоже. На ТО щас масло поменяю, посмотрю что там и как

Когда шум? Просто на холостом или когда выжата педаль сцепления?

Подмерзает, зимой обычное дело. Я обычно прогреваю машину, через 20 мин всё отлично становится. На счет задней передачи, у меня она плохо переключалась с самого выезда из салона. Как мне пояснили "надо мягче переключать, т.к. все передачи там очень близко расположены и не давить". Езжу уже 4 года, передача редко беспокоит.
На счет шума, не могу сказать, тут сомнения... Возможно в Вашем случае причина проблемы с передачей в чем-то ином. Может в всё-таки в сервис. Покатайтесь недельку, по тестируйте. Удачи!

Так как данный авто устроен простейшим образом
Из очевидного :
1. Внутрь тросиков попала вода и от этого сложности в переключении.

А вот шум это хуже.

2. Масло под замену так как очевидно что залито не качественное масло. Залейте масло по паспорту.
3. Выжимной подшипник.
4. Подшипник первичного вала.

Лучше видео снимите чтоб было слышно звук шума.

Эт не диск сцепления болтается, а подшипник первичного вала... Давняя болячка коробок 02Т, которую пальцваген "якобы" исправил)

Тоже после выезда из салона заедает 1 и R передачи... Машина плохо на зиму заточена - -28 уходит в глубокую спячку, растолкав - бортовой компьютер спит до перезапуска - это говорит о неподготовленности к минусам, отсюда и вязкое масло и "дубение" всех резинок и много чего. Езжу с начала 2014-ого каждый раз при очередном зимнем пробуждении куча посторонних звуков. Правильно подмечено - жалобы только на прогретую машину актуальны. За 4 года нареканий особых больше нет, сцепление только немного подъето, на следующий год, думаю замена неизбежна...

шум на холостом, при выжатом сцепление нет шума

У меня тоже звук как будто гидрокомпенсаторы громко стучат, выжимаешь сцепление, звук пропадает. Вывод: подшипник первичного вала... ИМХО.

Вывод: подшипник первичного вала... Именно он .