Так как на холодную все работает отлично, грешить на контакты и реле зарядки нет смысла. Без генератора на одном аккумуляторе машина может проехать до 60-100км, а катушку зажигания и свечи проверить стоит. У меня наоборот было, при выжимании сцепления машина начинала орать как будто я педаль газа в пол выжимаю (ланос с ЭБУ в подкапотном пространстве). Проблему решил размотав с одного из пучка проводов идущих от ЭБУ, там куча земляных проводов соединены в одну клемму, под изоляцией этого не видно, видимо в соединении был плохой контакт, после пропайки проблема ушла. Возможно у вас та же беда, только машина глохнет.