Была аналогичная ситуация: в багажном отсеке завоняло сыростью, поднял коврик багажника, вынул запаску и тут меня накрыло. Половина отсека для запаски была вода. Снял всю боковую обшивку багажника и ездил месяца полтора: от дождя до дождя. Выяснил причину, прошёлся герметиком по швам колёсной арки и багажной площадки. Просушил машину и заодно отмыл и обработал септиком от грибка боковины. Теперь в багажнике сухо.